平成16年10月、恵那市、岩村町、山岡町、明智町、串原村、上矢作町の1市4町1村が新設合併し、現在の恵那市となりました。恵那市社会福祉協議会も恵那市の新設合併と同日の合併に向け準備を重ね、平成16年10月25日、恵那市の新設合併により現行の『社会福祉法人恵那市社会福祉協議会』が設立されました。
合併前には社会福祉法人として、恵那市社協・岩村町社協・山岡町社協・明智町社協・串原村社協・上矢作町社協の6市町村社協がそれぞれの地域で事業を行ってきましたが、合併を経て、現在は事務局及び支所体制として、２課及び5支所による組織体制により、事業の採算性をふまえつつ効率的に市内全域に福祉サービスを提供する一方、地域ごとの特性を生かした地域福祉事業を展開しています。
とりわけ、地域福祉事業の推進においては、合併後新たに恵南地域でも支部社協を設置し、現在の13支部社協体制となりました。また、平成19年からは「支部担当制」により各支部社協に支部担当者を配置することによって、その活動の強化を図っています。